喀什地区地形复杂,气候差异较大,基本可分为平原气候区、沙漠荒漠气候区、山地丘陵气候区、帕米尔高原气候区和昆仑山气候区;其中,喀什市属于平原气候区,四季分明,夏长冬短,年平均气温为11.5ºC左右,最佳旅游时间为每年的8月和9月,此时气候温和,瓜果成熟,极适宜观光度假;但早晚温差较大,需要备足衣物。
巴楚南部和叶城东北部属于沙漠荒漠气候区,冷暖变化剧烈,冬季寒冷,夏季酷热,气候异常干燥,年平均气温在11ºC以上,风沙大、日照强,需要准备遮阳帽、防晒霜、太阳镜、纱巾等物品。
叶城中部、巴楚北部和疏附县属于山地丘陵气候区,冬长夏短,年平均气温在11ºC以下,在夏季时常有大雨,甚至暴雨山洪发生。
塔什库尔干塔吉克自治县的大部分地区属于帕米尔高原气候区,这里冬寒漫长、夏季气候较为温和,年平均气温在5ºC以下,雨水主要集中在春夏两季,光照充足,辐射较强。塔什库尔干塔吉克自治县南部和叶城县南部地区属于昆仑山气候区,这里气候严寒、空气干燥、风大雪多、天气多变,且低压缺氧,年平均气温在0ºC以下,全年只分为冷暖两季,大风多在冷季,降水多在暖季。