吐鲁番没有民用机场，但位于鄯善县的军用机场会在旅游旺季开辟吐鲁番至敦煌专线；或者，游客可以在乌鲁木齐中转，乌鲁木齐机场距吐鲁番市约230千米，有高速公路相通，两个多小时即可到达吐鲁番市区。
吐鲁番火车站位于大河沿镇，距离吐鲁番市区约50千米，兰新线、南疆线各次列车均在吐鲁番站停靠，乘火车从吐鲁番到乌鲁木齐大约需要2个半小时，游客可乘中巴车或出租车往返于吐鲁番市区与火车站之间，中巴车单程票价5元/人。
此外，吐鲁番的公路交通相当发达，312国道兰新公路和314国道南疆公路在这里相交，境内各乡也均通公路，各旅游点开辟有旅游专线车。游客可在吐鲁番客运站和大河沿客运站乘坐发往乌鲁木齐、喀什、和田、奇台、鄯善、托克逊、库尔勒、轮台、库车、阿克苏、沙井子、三叉井、巴楚、阿图什、阿拉尔、莎车、叶城、泽普等地的班车。
吐鲁番市内交通工具主要有公交车、出租车和被当地人称为“毛驴的士”的驴车。吐鲁番有8条公交线路，出租车若不出城均为5元，“毛驴的士”可待游客逛巴扎后游览近郊景点，但需要事先议价。