航空
境内的主要机场有：呼和浩特白塔机场（位于市区东北15公里处），包头机场（距市区23公里），赤峰机场（位于赤峰市城区近郊西南，距离市区5公里），海拉尔机场（距市区7公里），锡林浩特机场，乌兰浩特机场，通辽机场等。
铁路
现有19条国有铁路干线、12条支线、5条地方铁路，与北京、西安、海拉尔、兰州、银川等数十个城市均有火车通行。
水运
内蒙古自治区内河有黄河、嫩江、额尔古纳河。目前,黄河内蒙古段水运主要是以架设浮（舟）桥及渡口运输为主。由于航道等级低，嫩江在内蒙境内仅有一些渡运和季节性通航。额尔古纳河除三个（黑山头、室韦、胡列也吐）水路口岸进行边境贸易和旅游有一些水路运输外，基本没有开展长航运输。
公路
内蒙古境内有多条国道经过。先进的呼包高速公路已建成使用，已实现了各旗县通公路，许多世代闭塞的农牧区和边境地区也建起了公路，并开辟了与蒙古、俄罗斯边境省区通车的6条客运班车路线。 从包头到呼和浩特之间有内蒙古唯一的高速公路（呼包高速）相通，走这条路，只需2小时就可以到呼和浩特。此外，还有110国道贯通全市，可以通达呼和浩特、五原等地。