东京的交通很便捷，主要由新干线、地铁、公交巴士及计程车组成。
JR线(Japan Railway Line)：行驶于东京市中心的是山手线，这条线呈环状，绕东京的主要城区一周；而京滨东北线则将南边的川崎、横滨和北边的浦和、大宫加以连接。还有东京站至高尾山的动脉线中央线等。各条路线上行驶的车辆颜色都不同，山手线为绿色、中央线快速车为红色、中央慢行车及总武线为黄色、京滨东北线为蓝色。
地铁：共有10条路线，包括已有60年历史的银座线；二战后开通的丸内线；年青人街、六本木及筑地两地来往的是日比谷线；东西线可达迪斯尼乐园；另外有千代田线、有乐町线、半藏门线、浅草线、三田线、及新宿线等。
公车巴士: 一般行驶于新干线和地铁不到的地区，站和站之间距离较短，可以欣赏街道风景。但最大缺点是经常会发生塞车现象，无法掌握时间。
计程车: 以距离和乘坐时间计算车费，一旦遇到塞车，价格会较高。东京市内道路有许多地方禁止U型回转，绕道而行又会使车费增长。因此在东京最好还是避免乘坐计程车。
几种交通票：
青春18车票 日本在每年的春、夏、冬学校假期，都会推出一种名为“青春18车票”，这种车票非常便宜，一套5张11,500日元，1张可以使用1日，即平均2,300日元就可乘坐由东京至大阪或东京至九州等列车。但这种车票只适用于普通列车及快速列车。新干线、特急等列车就不通用。“青春18车票”在全国JR车站的绿色售票窗口有售。
北海道、东日本 Pass 售价为10,000日元，可在JR北海道及JR东日本车站的绿色售票窗口买到。每个Pass的使用期间为连续5天，可任意乘搭JR北海道及JR东日本的列车。同样在春、夏、冬季假期使用。
JR Pass 如果不是在学校假期时段旅行，则可以选择“JR Pass”，可在出发之前购买，适用于全国的JR列 车及巴士，7天的价钱是28,300日元，而14天的价钱则是45,100日元。